如何用GraphPad做WB统计 GraphPad Prism如何做Kaplan-Meier分析

品牌型号：联想GeekPro 2020

系统：Windows 10 64位专业版

软件版本：Graphpad Prism 10.3.0

‌‌WB统计，即统计免疫印迹（western blot）的实验数据，这种实验可以测出条带灰度值，并进行相关的生物学分析。GraphPad Prism软件本身是没有测条带灰度功能的‌，但可以用来分析其他软件测出的WB数据。我们可以用相关的软件处理一下原始图片，并做归一化处理，这样数据就能导入GraphPad Prism做统计。接下来‌‌，本文将会介绍如何用GraphPad做WB统计，GraphPad Prism如何做Kaplan-Meier分析的相关内容。

一、如何用GraphPad做WB统计

在处理WB图片时，可以用ImageJ将目标蛋白和内参蛋白的WB图片转换成8-bit的灰度图，然后再测量出条带的灰度值。在Excel里用目标蛋白灰度值除以内参蛋白灰度值，就能计算出相对表达量比值，即归一化后的比值数据，建议设置至少3次生物学重复并求取均值。计算出比值数据后，就可以导入GraphPad Prism进行统计分析。

1、在GraphPad Prism的功能中，可以用t检验、ANOVA方差分析等方法分析对比目标蛋白和内参蛋白比值的差异性。如图1所示，在GraphPad Prism的创建窗口中，选择column数据表作为分析表格。

2、创建了column数据表后，如图2所示，将目标蛋白、内参蛋白的比值分别填写到Group A、B列中，用于对比两组差异的显著性。

3、整理好数据后，打开GraphPad Prism的分析面板，这里会默认打开column表相关的分析方法，我们要研究的是目标蛋白、内参蛋白的比值差异，因为涉及到的是两组数据，所以要选择t检验。

4、打开GraphPad Prism的t检验参数设置后，在数据满足正态分布、方差齐性的情况下，可以直接用软件的默认设置，即使用非配对的参数t检验方法。

‌5、完成以上设置后，GraphPad Prism就会自动得到图5所示的计算结果，可以看到这里的p值（0.0014）小于0.05，说明目标蛋白与内参蛋白的比值有显著差异。

二、GraphPad Prism如何做Kaplan-Meier分析

Kaplan-Meier分析是经典的生存分析研究方法，很适合用来做有删失数据的研究项目，在GraphPad Prism软件中，有专门的生存数据表与分析方法供使用，下面让我们来看看GraphPad Prism如何做Kaplan-Meier分析。

1、如图6所示，在GraphPad Prism的创建数据表窗口中，选择“生存数据表”，右侧的选项可以选“输入实际使用时间”，这样就能输入持续天数的数据。

2、创建好生存数据表后，如图7所示，将X列输入“持续的天数”，在Group A、B对应的Y列输入第一、二组的数据，注意数据要按照阶梯式的格式填写，其中1代表死亡，0代表生存或删失。

3、整理好数据以后，打开GraphPad Prism的分析面板，这里同样会默认打开生存数据表相关的分析方法，如图8所示，我们要选择“简单生存分析（Kaplan-Meier分析）”。

4、打开GraphPad Prism的生存分析功能后，如图9所示，先确认一下数据中的编码设置是否有误，即“1代表死亡，0代表生存或删失”的设置。

然后，如果要应用Kaplan-Meier分析，需要在“对比两组的计算方法”勾选“Logrank（Mantel-Cox test）”，即比较两组或多组生存曲线是否存在统计学差异。

4、完成以上设置，就可以得到Logrank（Mantel-Cox test）的检验结果，如图10所示，本例计算得到的p值为0.1563，数值大于0.05，说明两条生存曲线无显著差异。

三、小结

以上就是如何用GraphPad做WB统计，GraphPad Prism如何做Kaplan-Meier分析的全部内容了。GraphPad Prism拥有丰富的研究分析方法，可以用来应对各种专业、复杂的数据分析，像本文提到的WB数据统计、Kaplan-Meier分析等，都可以用GraphPad Prism做相关的统计运算。除此以外，GraphPad Prism的图表绘制功能也很实用，大家可以试用一下。

作者：泽洋